Το Σχολικό Μουσείο του Δήμου Ρεθύμνης στην Αμνάτο γεννήθηκε από μια επείγουσα ανάγκη διάσωσης της ιστορίας, όταν τα μονοθέσια και διθέσια αγροτικά σχολεία της Κρήτης έκλειναν οριστικά.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1990, κατά την εφαρμογή των συγχωνεύσεων του σχεδίου «Καποδίστριας», δεκάδες ιστορικά σχολεία της κρητικής υπαίθρου έπαυσαν τη λειτουργία τους. Μαζί με το κλείσιμό τους, πολύτιμα σχολικά αρχεία, μαθητολόγια, παλιά βιβλία, εποπτικά όργανα και ξύλινα θρανία κινδύνευαν να πεταχτούν κυριολεκτικά στα σκουπίδια.
Μπροστά σε αυτόν τον κίνδυνο, το Τμήμα Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης της Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης Ρεθύμνου, με πρωτεργάτες τον εκπαιδευτικό και ιστορικό ερευνητή Δρ. Χάρη Στρατιδάκη και τον αείμνηστο Αρμάνδο Δελαβάλλο (υπεύθυνο πολιτιστικών Δήμου Ρεθύμνης), ξεκίνησαν έναν τιτάνιο αγώνα συλλογής και διάσωσης του σχολικού υλικού απ' άκρη σ' άκρη του νομού.
Η αναζήτηση διεθνών προτύπων οδήγησε σε εκτεταμένη αλληλογραφία με τη Γαλλία και ευρωπαϊκά κέντρα. Διαπιστώθηκε ότι ενώ υπήρχαν ιδιωτικές συλλογές, δεν υπήρχε ολοκληρωμένο θεσμοθετημένο Σχολικό Μουσείο. Έτσι, το 1999, με τη στέγαση στο επιβλητικό κτίριο του πρώην Δημοτικού Σχολείου Αμνάτου και τη θερμή στήριξη της τοπικής κοινωνίας και του Πολιτιστικού Συλλόγου, ιδρύθηκε το πρώτο Σχολικό Μουσείο στην Ελλάδα.
Σήμερα, το Μουσείο αποτελεί πρότυπο πανελλαδικά, υποδεχόμενο κάθε χρόνο πάνω από 2.500 μαθητές και φοιτητές από όλη την Κρήτη και την Ελλάδα, συνδυάζοντας την επιστημονική μουσειολογία με τη ζωντανή βιωματική μάθηση.